24世紀初,私立武裝組織天人部隊駕駛著高達從天而降,開始以武力根絕戰爭,他們留著組織被瓦解的危機,令紛爭不絕的世界,產生了急劇的變化。
隨著地球聯邦政府的成立、再經歷過由獨立治安維持部隊A-Laws挑起的戰火洗禮,人類最終選擇了不再依賴武力的社會。然而,到了公元2314年,一艘被廢棄了130年、全無生命跡象的木星探測船,慢慢的接近地球軌道。船上帶著一個預告;一場關係人類孝亡的戰爭即將爆發……
在戰鬥中,進化為人類領航員的革新者、天人部隊的高達使者剎那.F.塞爾,他面對全新危機的同時,亦面對自身進化的真正意義。伊奧里亞計劃的最後階段、以及所謂「即將到來的對話」,究竟是甚麼……人類會步向滅亡嗎?