1966 年, 周慕雲回到了香港, 重新面對被他埋葬了的過去. 他遇上不同的女人, 但經歷過情感的創傷使他的心變得麻木. 他封鎖了內心無數被遺忘的記憶, 不讓任何人接近.
為了生活, 周慕雲開始寫起情色小說. 機緣之下, 他搬進了 2047 號房間, 開始動筆寫一部名為〈2046〉的小說. 在小說中, 只要搭上了前往 2046 的列車, 人們就可以找回失去的記憶. 沒有人知道這是否真實, 因為從來沒有人可以離開 2046.
一直到了西元 2046 年, 那班神秘列車依舊定期的開往 2046…… (故事簡介來自特刊)